Beskyttede naturtyper er områder, som er beskyttet i henhold til naturbeskyttelseslovens § 3. Områderne omfatter naturlige søer med et areal over 100 m2, udpegede beskyttede vandløb, heder, moser og lignende, strandenge og strandsumpe samt ferske enge og biologiske overdrev. Områderne yder som udgangspunkt en god beskyttelse af grundvandet, da de enten henligger som natur eller drives ekstensivt uden eller med begrænset brug af kvælstof og pesticider.
Inden for OSD-områderne findes beskyttede vandløb, søområder, overdrev, enge, strandenge samt mose- og hedearealer. Hede-, eng- og moseområderne udgør de største arealer med beskyttede naturtyper. Inden for OSD Pandrup findes flest overdrevarealer, mens der i OSD Tingskov/Brovst er flest hedeområder. Inden for indvindingsoplandene er der generelt kun registreret små og få beskyttede naturområder. Områderne ses på nedenstående kort.
Natura 2000-områderne er et netværk af beskyttede naturtyper gennem hele EU. Natura 2000-områder består af fuglebeskyttelsesområder, habitatområder og ramsarområder. Der findes fuglebeskyttelsesområder og ramsarområder i den sydlige og sydøstlige del af modelområdet, men områderne ligger ikke inden for indvindingsoplande eller OSD. I indvindingsoplandene til Svinkløv, Langdal, Tranum og Rendbæk Vandværker findes habitatområder. Der findes habitatområder i både OSD Pandrup og OSD Tingskov/Brovst.